Президент України Віктор Ющенко одним з перших своїх указів скасував структуру Адміністрації Президента України. Натомість, відповідно до пункту 28 статті 106 Конституції, Президент затвердив Положення про створення Секретаріату Президента України.
Секретаріат Президента України є постійно діючим органом і утворений Президентом для здійснення його повноважень. Загальне керівництво Секретаріатом здійснює Глава Секретаріату, який призначається та звільняється з посади Президентом України. Основними завданнями Секретаріату є організаційне, правове, консультативне, інформаційне, експертно-аналітичне та інше забезпечення діяльності Президента України.
До виконання окремих завдань Секретаріату можуть залучатися вчені й фахівці (у тому числі на договірній основі), працівники центральних та місцевих органів виконавчої влади. Секретаріат має право за дорученням Президента порушувати перед керівниками різних рівнів питання про усунення виявлених недоліків та упущень, а про факти порушення Конституції та законів України, указів і розпоряджень Президента України інформувати правоохоронні органи. Секретаріат має право запитувати і одержувати інформацію від державних органів та органів місцевого самоврядування, державних підприємств, установ, організацій, посадових осіб.
У процесі виконання покладених завдань Секретаріат відстоює позиції Президента України у взаємодії з Верховною Радою України, Кабінетом Міністрів України, Конституційним Судом України, правоохоронними, іншими державними органами, органами місцевого самоврядування, а також підприємствами, установами, організаціями.
До складу Секретаріату входять: перший заступник Глави Секретаріату Президента України, заступник Глави Секретаріату; Прес-секретар Президента України; Групи радників та наукових консультантів Президента України; Постійний представник Президента України у Верховній Раді України, Постійний представник Президента України у Кабінеті Міністрів України, Постійний представник Президента України у Конституційному Суді України, інші постійні представники Президента України; головні служби, служби та інші структурні підрозділи.
Секретаріат є юридичною особою, має печатку із зображенням Державного герба України та своїм найменуванням.
